Desarrollo y evaluación de un pipeline en R para análisis metagenómico de secuencias ITS de Illumina

Abstract

La caracterización de la diversidad fúngica mediante métodos tradicionales presenta limitaciones significativas acentuadas por la barrera técnica que supone el análisis bioinformático de datos de secuenciación masiva Este estudio tuvo como objetivo desarrollar y validar un pipeline bioinformático reproducible en R para el análisis metagenómico de secuencias de la región ITS fúngica generadas por Illumina La metodología implementada integró herramientas estandarizadas DADA2 phyloseq para el control de calidad inferencia de Variantes de Secuencia de Amplicón ASVs asignación taxonómica utilizando la base de datos UNITE y análisis de diversidad alfa y beta Los resultados demostraron la eficacia del pipeline obteniéndose perfiles de calidad optimizados matrices de ASVs y visualizaciones que revelaron la composición de las comunidades fúngicas Los análisis ecológicos identificaron a Ascomycota y Basidiomycota como los filos dominantes y permitieron discernir patrones significativos en la composición de las comunidades entre muestras Se concluye que el pipeline desarrollado supera las limitaciones de los métodos dependientes de cultivo caracterizando eficientemente la materia oscura microbiana Su diseño accesible y reproducible democratiza el acceso a análisis metagenómicos robustos constituyendo una herramienta valiosa para aplicaciones en biotecnología y ecología